长治医学院生物医学工程系成立于2000年，至今已有18年的发展历程，为社会培养出应用型的毕业生近800名，积累了一定的办学经验，并对专业的发展有了较深的研究。创立之初，根据我校的办学定位和实际状况，围绕培养“有效管理医疗设施与医学技术”的专业人才为目标，设立了办学宗旨：“立足太行，面向基层，医工结合，培养应用型生物医学工程人才，服务于各级各类医疗卫生机构”。经过几代师生的共同努力，本系各方面事业得到了快速发展，办学成就显著，社会声誉良好。教学、科研、学生、党群等工作多次荣获校级、省级奖励，注重实践育人，形成创新创业特色。

生物医学工程系有以下组织机构：两个副主任，一个党总支副书记，分团委、公会、学生会等，下设有一个党政综合办公室，管理教学、科研、学生、党群等日常工作，拥有4个教研室：工程技术教研室、电子技术教研室、信息技术教研室、医学仪器教研室；2个基础实验室，3个专业实验室，1个校企合作实验室，承担着生物医学工程、医学影像学、医学检验等多专业的课程教学与实验任务。

学科方面目前有三个专业方向，医学物理、康复器械工程、医疗设备管理维护，“3+1”特色培养医学物理师、康复工程师、临床工程师。全系教学仪器设备总值150余万元。有全日制在校本科学生395人。

生物医学工程系现有专任教师19人，其中教授1人，副教授7人，副主任技师1人，高级工程师1人，讲师4人，实验师1人，工程师1人，助教3人。教师中具有博士学历学位的1人，硕士学历学位的9人，学士学历学位的7人；有访问学者经历的4人；此外，聘任有10余名本校附属医院，国内外医疗机构与公司等，实践经验丰富的专家学者和工程技术人员作为兼职教授、讲师，形成了一支结构合理、具有强烈学术氛围、协作精神和创新精神的双师型教学团队。近年来，生物医学工程教学团队已承担并完成省级科学研究项目1项，省级教学研究项目3项，校级科研项目3项，教改项目5项，专业提升与综合改革项目一项，在各级各类学术期刊以第一作者发表学术论文100余篇；指导省级大学生创新创业项目12项，校级3项。参编各种教育部、教学教材4部，省级教学成果一等奖一项，主办电子技术类相关学术会议1次，相关专利5项。

生物医学工程系注重理论实践结合，创新创业竞赛成果显著，形成了系部的育人特色。同时，搭建多层次的校企合作办学平台，在北京、上海、重庆、深圳、沈阳等地的大型医疗器械企业，三甲医院建立了学生实践实训基地。积极推进素质教育，学生社会实践能力和科技创新能力培养成效突出，在全国大学生电子设计竞赛、全国大学生数学建模大赛、全国生物医学电子设计竞赛等科技竞赛活动中屡创佳绩，2009至今，累计获得国家级奖项14项，省级奖项60余项。系里先后为社会培养输送了一大批各级各类优秀人才，毕业生遍及全国各地的医院放射科、设备科，大型医疗器械公司、研究所，医疗设备政府机构、协会等行业，表现出踏实肯干、动手能力强、综合素质高等特点，受到用人单位的普遍好评。

到2025年，生物医学工程系从总体上发展成为具有医学背景的、与临床医学紧密结合的，凸显专业特色的，涵盖医学工程、医学技术、医院信息化建设与管理、康复器械等分支的较全面的综合院系，形成一个包含科研梯队、教学梯队和实践梯队的、以中青年教师为主的、科研教学并举的有优势和评价指标的教师团队；能够在省内乃至国内树立起至少一个自己的品牌方向，培养一批精英型应用人才，取得硕士研究生的培养资格，提升办学层次与学科发展；坚持“产学研用”的指导思想，成立以西安交大、长治医学院、澳瑞特为基础的跨省健康与康复工程技术协同创新中心，多渠道资源共享，探寻联合办学、校企合作、科研创新的新特色和新平台，力争设计并推广具有自主知识产权的生物医学工程产品。